Ազգային անվտանգության ծառայության (ԱԱԾ) տարածած հաղորդագրությունում ասվում է, որ Քննչական դեպարտամենտում կատարված քննության շրջանակներում ձեռք են բերվել փաստական տվյալներ այն մասին, որ Արա Վարդանյանը, 2009 թվականի մայիսի 18-ից մինչև 2018 թվականի հուլիսի 20-ը, զբաղեցնելով Հայաստանի Հանրապետության կողմից հիմնադրված «Հայաստան» համահայկական հիմնադրամի գործադիր տնօրենի պաշտոնը, հիմնադրամի` առանձնապես խոշոր չափերով գույքը յուրացնելու նպատակով տնտեսվարող կազմակերպություններից մեկի տնօրենի օժանդակությամբ կազմել, հաստատել և ստորագրել է Արցախի Հանրապետության շրջանների և Ստեփանակերտ քաղաքի հանրակրթական դպրոցներին ընդհանուր 292 մլն 833 հազար դրամ արժողությամբ կահույք մատակարարելու վերաբերյալ կեղծ պայմանագրեր, հանձնման-ընդունման կեղծ ակտեր, որոնց հիման վրա հիմնադրամի հաշվից ընկերության ընթացիկ հաշվին փոխանցվել է առանձնապես խոշոր չափերի 292 մլն 833 հազար դրամ, որն էլ փոխադարձ պայմանավորվածության համաձայն, յուրացման եղանակով, հափշտակվել է, իսկ Արցախի Հանրապետության շրջաններին և Ստեփանակերտ քաղաքի հանրակրթական դպրոցներին պայմանագրով նախատեսված գույքը չի մատակարարվել:

Բացի այդ, ինչպես նշված է հաղորդագրությունում, Արա Վարդանյանը պաշտոնի բերումով հանդիսանալով կազմակերպական-տնօրինչական ու վարչատնտեսական գործառույթներով օժտված պաշտոնատար անձ՝ 2014 թվականի նոյեմբերի 21-ին «Կոնվերս բանկ» փակ բաժնետիրական ընկերության հետ կնքել է վարկային քարտով սահմանաչափի տրամադրման գրավի պայմանագիր, իսկ որպես վարկի ապահովման միջոց՝ նույն բանկում գրավադրել է հիմնադրամի հաշվին գտնվող «Մոզիյան» ֆոնդի 28 մլն դրամ ավանդը և վարկային քարտով, մինչև 2019 թվականի հունվարի 15-ը մարման ժամկետով, ստացել տարեկան 19,10 տոկոսադրույքով 25 մլն դրամի վարկային գիծ: Այնուհետև իր պաշտոնեական դիրքը ծառայության շահերին հակառակ օգտագործելու դիտավորությամբ և շահադիտական նպատակներով հիմնադրամին պատկանող դրամական միջոցների մի մասն օգտագործել է ոչ թե կանոնադրությամբ սահմանված նպատակներով, այլ իր անձնական կարիքների համար, այն է՝ միասնական դիտավորությամբ, 2016 թվականի հունվարի 8-ից 2018 թվականի հունիսի 29-ն ընկած ժամանակահատվածում, «www.pokerstars.com» և «www.quasargaming.com» առցանց (օնլայն) խաղատներում խաղադրույք կատարելու նպատակով, ինչպես նաև անձնական այլ կարիքները հոգալու համար վերը նշված քարտի հաշվում առկա վարկային գծի դրամական միջոցներից խաղատների հաշվեհամարներին փոխանցել կամ կանխիկացրել է ընդհանուր 136 մլն 754 հազար դրամ, ինչի արդյունքում նշված գործարքների դիմաց բանկը որպես միջնորդավճար գանձել է ընդհանուր 230 հազար դրամ:

Նշված գործողություններով, ըստ ԱԱԾ-ի, Արա Վարդանյանն էական վնաս է պատճառել «Հայաստան» համահայկական հիմնադրամին, ինչն անզգուշությամբ առաջացրել է ծանր հետևանքներ, այն է՝ հիմնադրամի հաշվում գտնվող «Մոզիյան» ֆոնդի 28 մլն դրամ ավանդը գրավադրվել է «Կոնվերս բանկ» փակ բաժնետիրական ընկերությունում, որի հետևանքով այդ ընթացքում հիմնադրամը զրկվել է այդ գումարը  սոցիալական, բարեգործական, մշակութային, կրթական, գիտական, առողջապահական, բնապահպանական կամ այլ հանրօգուտ նպատակներին ծառայեցնելու հնարավորությունից, ինչպես նաև արատավորել է հիմնադրամի բարի համբավն ու հեղինակությունը, ինչով պայմանավորված հետագա տարիներին  զգալի չափով պակաս գումար է հանգանակվել հիմնադրամին:

Նկարագրված արարքները կատարելու համար, նախաքննությամբ ձեռք բերված ապացույցների համակցության պայմաններում, վարույթն իրականացնող մարմնի կողմից յուրացման եղանակով առանձնապես խոշոր չափերով գումար հափշտակելու, առանձապես խոշոր չափերի հափշտակությանն օժանդակելու, պաշտոնեական լիազորությունները չարաշահելու, պաշտոնեկան կեղծիք կատարելու մեղադրանքներով քրեական հետապնդումներ են հարուցվել «Հայաստան» համահայկական հիմնադրամի նախկին գործադիր տնօրեն Արա Վարդանյանի և տնտեսվարող կազմակերպության տնօրենի նկատմամբ:

2021 թվականի ապրիլի 13-ին  քրեական գործը, վերոնշյալ 2 անձանց մասով մեղադրական եզրակացությամբ, ուղարկվել է նախաքննության նկատմամբ դատավարական ղեկավարում իրականացնող դատախազին՝ մեղադրական եզրակացությունը հաստատելու և գործն ըստ էության քննության առնելու համար դատարան ուղարկելու նպատակով։

Ծանուցում. ենթադրյալ հանցանքի մեջ կասկածվողը կամ մեղադրվողը համարվում է անմեղ, քանի դեռ նրա մեղավորությունն ապացուցված չէ ՀՀ քրեական դատավարության օրենսգրքով սահմանված կարգով՝ դատարանի՝ օրինական ուժի մեջ մտած դատավճռով: