Նիկոլ Փաշինյանի որոշմամաբ՝ Արա Մկրտչյանը նշանակվել է արդարադատության նախարարի տեղակալ:

«Ղեկավարվելով «Հանրային ծառայության մասին» օրենքի 9-րդ հոդվածի 1-ին մասով՝ Արա Մկրտչյանին նշանակել արդարադատության նախարարի տեղակալ»,- նշվում է որոշման մեջ:

Արդարադատության նախարարության փոխանցմամբ՝ 2000թ.-ից Արա Մկրտչյանն աշխատել է որպես՝ օպերլիազոր, քննիչ, ՀՀ ՆԳՆ ՔԳՎ ՀԿԳ քննության վարչության Պաշտոնեական և տնտեսական գործունեության դեմ ուղղված հանցագործությունների քննության բաժնի պետի տեղակալ, ՀԿԳ ավագ քննիչ, ՀՀ քննչական կոմիտեի ՀԿԳ քննության գլխավոր վարչության մարդկանց թրաֆիքինգի և թմրամիջոցների ապօրինի շրջանառության հանցագործությունների քննության վարչության պետ, ՀՀ Ոստիկանության Ներքին անվտանգության վարչության պետ, ՀՀ Ոստիկանության Անձնագրային և Վիզաների վարչության պետ: