Վարագավանքի վանական համալիրի եկեղեցիներից ամենագեղեցիկը Սուրբ Աստուածածինն էր։ Ան ունէր «հռիփսիմեատիպ» կառոյցների յօրինուածք՝ խաչաձև էր, անսյիւն, չորս խորաններով, 12 անկիւնանի զարդարուած գմբէթով։ Եկեղեցին շինուած էր անտաշ մեծ քարերից, ծածկն ու գմբէթը՝ աղիւսից։ Եկեղեցու ներքին պատերը սպիտակեցուած էին [4]։

Սուրբ Գէորգ գաւիթը շինուած էր սրբատաշ քարերից, պատերը ծածկուած էին որմնանկարներով։ Չորս քառանկիւնի սիւների և ութ որմնասիւների վրայ բոլորում էին պայտաձև կամարներ՝ կրելով ութանկիւնի գմբէթը՝ բրգաձև կաթուղիկէով (գմբէթի վերնամաս)։ Գաւթի  արևելեան պատն ամբողջովին զարդարուած էր սրբապատկերներով և այստեղ էին յաճախ կատարւում առաւօտեան և երեկոյեան ժամերգութիւնները։ Գաւթի հիւսիս-արևելեան կողմում էին գտնւում երեք տապանաքար, որոնց տակ ամփոփուած էին Արծրունեանց Սենեքերիմ թագաւորի, նրա կնոջ՝ Բագրատունի Գագիկ թագաւորի դուստր՝ Խուշուշ թագուհու և Պետրոս Գետադարձ կաթողիկոսի աճիւնները [5]։

Սուրբ Աստուածածին եկեղեցուն հիւսիսից կից գտնւում էր Սուրբ Նշան եկեղեցին։ Այն իր չափսերով համեմատաբար փոքր էր, ունէր գմբէթաւոր դահլիճի յօրինուածք [6]։

Վանքի շուրջը ձգւում էր երկյարկանի մի շինութիւն, որը բաղկացած էր վանականների և ուխտաւորների համար նախատեսուած 47 սենեակներից, փռից, բաղնիսից և 8 սենեականի դպրոցական շէնքից, ինչպէս նաև որպէս վանքի առաջնորդարան ծառայող երկու մեծ սենեակներից [12]։

Ըստ աւանդութեան՝ Հռիփսիմեանց կոյսերից Հռիփսիմէն Վաղարշապատ ուղևորուելիս Վարագավանքի տեղն է թաքցրել իր պարանոցին կրած Սուրբ Նշանը՝ Խաչափայտի մասունքով Սուրբ Խաչը։ Երբ 653 թ. յայտնի է դարձել Վարագայ Սուրբ Խաչի տեղը, կաթողիկոս Ներսէս Գ Տայեցին Վարագ լեռան վրայ կառուցել է Սուրբ Նշան եկեղեցին և հաստատել Վարագայ Սուրբ Խաչի տօնը [13]։

Վարագավանքը ծաղկում է ապրել X դարի սկզբին, Վասպուրականի թագաւոր Գագիկ Արծրունու հովանաւորութեամբ, որի կինը՝ Մլքէն, վանքին է նուիրել հայկական ամենանշանաւոր ձեռագրերից մէկը՝ «Մլքէ թագուհու աւետարանը»։ Վարագավանքը երկար ժամանակ եղել է եպիսկոպոսանիստ, և նրա վանահայրերը համարուել են Վանի և շրջակայ գիւղերի առաջնորդ [14]։

1857 թ. Վարագավանքի վանահայր է կարգւում Մկրտիչ Խրիմեանը (Խրիմեան Հայրիկ), ով վարում է վանահայրութեան պաշտօնը գրեթէ անընդմէջ մինչև 1885 թ.՝ որոշ շրջաններում համատեղելով այն այլ հոգևոր պաշտօնների հետ։ Մկրտիչ Խրիմեանի վանահայրութեան 30-ամեայ շրջանը բնութագրւում է Վարագավանքի վերելքով և զարգացմամբ։ Նրա ջանքերի շնորհիւ վանքը վերածւում է Վան-Վասպուրականի բացառիկ ազգային, կրօնական և կրթամշակութային կենտրոնի։ Խրիմեանի առաջին քայլերից է դառնում վանքը Վանի առաջնորդների իրաւասութիւնից հանելը և այն Կ. Պոլսի Հայոց պատրիարքութեանը ուղղակի ենթակայ դարձնելը։ 1858 թ. վանքում բացւում է տպարան, որտեղ շարունակւում է «Արծուի Վասպուրական» շաբաթաթերթի հրատարակութիւնը (մինչև 1864 թ.): Վարագավանքի տպարանում նաև հրատարակւում են դասագրքեր, բազմաթիվ կրօնական, պատմական և գեղարուեստական գրքեր, որոնք մեծ տարածում են գտնում Վանի կրթօջախներում [15]։

Որպէս Վարագավանքի վանահայր՝ Մկրտիչ Խրիմեանի նշանակալից ձեռնարկներից մէկն է դառնում 1857 թ. գարնանը վանքում Ժառանգաւորաց վարժարան - գիշերօթիկ դպրոցի հաստատումը, որտեղ սկսում են ուսում ստանալ Վան քաղաքից և շրջակայ գիւցերից 25-ի չափ երեխաներ [16]։ Հետագայ տարիներին վարժարանի աշակերտների թիւը հասցւում է մօտ 40-ի [17]։ Ժառանգաւորացը դառնում է նոր տիպի դպրոց, որտեղ վերացւում են աշակերտների մարմնական պատիժները, ներդրւում են մանկավարժութեան առաջադիմական ձևեր և մեթոդներ [18]։

Ականատէս-վկայագիր հեղինակներից մէկը հետևեալ կերպ է բնութագրում Մկրտիչ Խրիմեանի՝ Վարագավանքի վանահայրութեան շրջանը. «Այս երեսնամեայ շրջանին մէջ վանքը տնտեսապէս հարստացաւ, մի ափ անմշակ հող չմնաց, յարմարաւոր տեղերը ծածկուեցան հազարաւոր պիտանի ծառերով, և Ժառ[անգաւորաց] դպրոցից էլ դուրս եկան բազմաթիւ շատ թէ քիչ նշանաւոր վարդապետներ, քահանաներ, ուսուցիչներ, թէ գրական ասպարէզի, թէ Վանի քաղաքացիների ու գիւղացիների և թէ նոյնիսկ ամբողջ հայ հասարակութեան համար» [19]։

1885 թ. Մկրտիչ Խրիմեանի՝ Կ. Պոլիս կանչուելուց յետոյ, Վարագավանքի վանահայրութիւնը նորից անցնում է Վանի թեմի առաջնորդներին։ Դրանցից յատկապէս, Գրիգորիս Արքեպիսկոպոս Ալեաթճեանը (պաշտօնավարել է մինչև 1888 թ.) հիմնանորոգում է տպարանը, Ժառանգաւորաց դպրոցի կացարանը և այլ շինութիւններ [20]։

Գ. Ալեաթճեանի և նրա յաջորդների օրօք վանքը շարունակում է իր աւելի կամ պակաս շէն ընթացքը մինչև 1896 թ. յունիս, երբ Վանի կոտորածի օրերին այն, ի թիւս շրջանի այլ եկեղեցիների և վանքերի, ենթարկւում է քուրդ հրոսակախմբերի յարձակման։ Վանքի միաբաններից, Ժառանգաւորաց դպրոցի աշակերտներից, վանքում աշխատող մշակներից շատերը սրախողխող են լինում, վանքապատկան ունեցուածքը՝ շարժական գոյքը, անասուներն ու արջառը, թալանւում։ Հրկիզւում և աւերակոյտի են վերածւում վանքի վարչական շինութիւններից շատերը։ Վանքն առժամանակ ամայանում է [21]։

Կոտորածների ալիքի մարելուց յետոյ վանեցիներն անմիջապէս ձեռնամուխ  են լինում վանքի վերականգնմանը։ Որոշւում է վանքի վերաշինութեան և հետագայ կառավարման գործը յանձնել աշխարհականների՝ անմիջապէս Կ. Պոլսի պատրիարքարանի իրաւասութեան տակ գործող և քաղաքի երևելի վաճառականներից բաղկացած հոգաբարձութեան։ Հոգաբարձութեան մարմնին յաջողւում է մի քանի տարուայ ընթացքում վերականգնել աւերուած շինութիւնները, կառուցել նոր կացարաններ վանքի միաբանների, Ժառանգաւորաց դպրոցի աշակերտների, վարժարանի ուսուցչական կազմի և ուխտաւորների համար։ Յաջողութեամբ է պսակւում վանքի տնտեսութեան վերականգնումը, որը հասցւում է «աննախընթաց պայծառութեան» [22]։

1909 թ. Վանի նահանգ այցելած արևելահայ մտաւորական Ա-Դօն (Յովհաննէս Տէր-Մարտիրոսեան) նշում է, որ Վարագավանքի Ժառանգաւորաց վարժարանի երեք նախակրթական և չորս սովորական դասարաններում սովորում էր աւելի քան 60 երեխայ։ Վանքն ունէր լաւ պարտէզ, ընդարձակ ծառաստան, ջրաղաց, որի համար ջուր էր բերուել Վարագ լեռան լանջերից բխող աղբիւրներից։ Վանքն ունէր մեծ տնտեսութիւն և դրա հետ միասին նաև մեծ եկամուտներ։ Պահւում էր աւելի քան 1,000 գլուխ ոչխար, 30-ից աւելի կով ու մատակ, 20-ից աւելի եզներ։ Վանքն ունէր հսկայական արօտատեղիներ, աւելի քան 150 դեսեատին [23] վարելահող։ Բացի դրանից, վանքը տարեկան շօշափելի դրամական նպաստներ էր ստանում տարբեր կտակներից և հիմնադրամներից։ Վանքի եկամուտների մեծ մասը ծախսւում էր դպրոցի վրայ, մնացածը՝ միաբանութեան պէտքերի և թուով 40 մշակների վրայ [24]։